Desde que se hiciera dueño de la franquicia en el año 1989, Jones se ha ganado la reputación de ser uno de los presidentes más (sino el más) polémicos en la liga, reputación que empezaría cuando en su mismo primer año tomó la decisión de despedir al histórico Tom Landry; una decisión por la cual hasta el día de hoy algunos fanáticos vaqueros le siguen guardando resentimiento.
Sí es cierto que ha logrado ganar tres anillos de Super Bowl desde que se hizo con la presidencia; anillos que llegarían durante la década de los 90′ cuando Cowboys dominaban la NFC a placer, pero existe una principal razón detrás del éxito de los Cowboys que los llevó a ganar esos tres Super Bowls en cuatro años: Jerry Jones no era el responsable de la toma de decisiones dentro del equipo.
Para ese entonces, el entrenador en jefe seleccionado por Jones para suplantar a nada más y nada menos que a Tom Landry fue su viejo amigo y ex-compañero universitario Jimmy Johnson.
Johnson, quien llegaría proveniente del fútbol colegial tuvo una muy mala primera temporada con el equipo, en la cual tan solo pudo ganar un encuentro y perdería 15; sin embargo en el transcurso de las próximas temporadas lograría crear una muy buena relación con sus jugadores que los terminaría impulsando al éxito.
De acuerdo con declaraciones del analista deportivo y para entonces QB titular de los Cowboys, Troy Aikman, a diferencia de lo que pasa hoy en día en la organización, Johnson era la única persona a quien los jugadores debían rendirle cuentas; además de ser el encargado de hacer las elecciones del draft, de asemblar el equipo perfecto a su gusto y de múltiples decisiones más.
Eventualmente, problemas entre Johnson y Jones conllevaron a la renuncia del entrenador en jefe en el año 1993 a pesar de haber conseguido su segundo Super Bowl consecutivo. Se cree que la renuncia de Johnson llegó porque Jerry quería poseer más control sobre el equipo, y este no estaba de acuerdo.
Luego de la renuncia de Johnson, el equipo lograría ganar otro Super Bowl dos años después, pero esto en gran parte gracias a la gran plantilla que el ex-entrenador logró dejar; pero lo cierto es que desde entonces la franquicia se ha venido abajo, y parece que la única manera de que retome su antigua gloria es volviendo a aquellos principios que los llevaría al éxito: que todas las decisiones recaigan en el entrenador en jefe.
El principal candidato para hacerse con el puesto de entrenador ahora que ya se encuentra disponible es Urban Meyer; sin embargo, fuentes afirman que el principal motivo por el cual Jerry Jones no termina de dar el paso final es porque una de las condiciones de Meyer es tener el control total del equipo (exceptuando lo ejecutivo y financiero obviamente), cosa que Jones parece no estar dispuesto a hacer.
Aparentemente Meyer “no solo quiere cocinar, sino también buscar sus propios ingredientes”.
¿Estará Jones dispuesto a ceder el control de su amada institución a un recién llegado Meyer?
 polémicos){kind=link}